作物在土壤中生长，根可以从较大的根际环境中获取养分，而无土栽培尤其是水培系统中，根系生长受到基质尺寸的限制，一旦营养液不能满足植株需求，作物生长就会立即受到限制。
无土栽培技术水质的好坏直接影响到了营养液的质量，同时对整体效果的影响也非常大，尤其是水培，水质的重要性更是不言而喻。
水质对无土栽培营养液的影响主要体现在以下几个方面：
一、水质硬度
二、水质中的EC和PH
三、水质中的钠和氯含量
灌溉水中的盐含量——尤其是钠浓度是至关重要的。一般作物进行无土栽培时，水中理想的氯化钠含量要≤2mmol/L。当灌溉水中钠浓度过高时，作物吸水困难，从而引起根毛细胞脱水，造成植物的“生理干旱”，作物叶片出现枯萎或“烧苗”等现象。另外，高浓度的盐分会同时破坏作物对其它离子（如，钙、镁离子）的吸收，从而导致作物诱发性缺素症，严重影响作物的产量及品质。
氯化物也可能存在于许多水源中，尤其是滨海地区的水源。国标要求灌溉水的氯化物的含量应小于250 mg/l，作物根区中可接受的最高的氯浓度比钠的高 0.2-0.5 mmol/L。对于水培来讲，含量要求更为苛刻。高氯水源会影响作物对氮、硫的吸收，造成营养缺失；抑制光合作用，影响作物生长发育；不利于作物糖分的转化，降低作物品质等诸多危害。
水源参考
无土栽培生产上一般使用井水和自来水，河水、泉水、湖水、雨水也可用于营养液配制。
雨水含盐量低，用于无土栽培较理想，但常含有铜和锌等微量元素，故配制营养液时要确保其安全性；其次使用雨水时要考虑到当地的空气污染程度，如污染严重则不能使用。
以自来水作水源，生产成本高，但水质有保障。
以井水作水源，要考虑当地的地层结构，并要经过分析化验。
无论采用何种水源，使用前都要经过分析化验以确定水质是否适宜。
